Ocupação indígena
Não há detalhes sobre a população originária da região hoje conhecida como São João del-Rei devido aos apagamentos históricos, à dispersão forçada e ao genocídio dos povos indígenas. Há vestígios de grupos catadores e coletores na Serra do Lenheiro, onde foram encontradas pinturas rupestres que datam aproximadamente de 6.000 a 9.000 anos. Pesquisas também sugerem a existência de comunidades indígenas Catauás (ou Cataguases) e Puris entre o Rio Grande, o vale do Rio das Mortes e as cabeceiras do Rio Paraopeba. Não há, no entanto, documentação sobre as comunidades na região antes da colonização.